Το Ενυδρείο Κρήτης, ως μέρος του πάρκου "ΘΑΛΑΣΣΟΚΟΣΜΟΣ" (οι εγκαταστάσεις του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. στο Ηράκλειο Κρήτης), του μεγαλύτερου συγκροτήματος θαλάσσιας έρευνας, τεχνολογίας και αναψυχής στη Μεσόγειο, θεμελιώνει τη λειτουργία του και την εξέλιξή του στην επιστημονική γνώση και στις ανακαλύψεις της θαλάσσιας επιστήμης και επιδιώκει:
- να αποτελεί ένα µέσο διάδοσης και εκλαΐκευσης της γνώσης και της καινοτομίας που παράγεται από το ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε αλλά και από την παγκόσμια θαλάσσια έρευνα, δηλαδή το μέλλον των σχέσεων του ανθρώπου µε την θάλασσα
- αναπαριστώντας τη θαλάσσια μεσογειακή ζωή µε σύγχρονους τρόπους και μέσα, να προσφέρει ένα μοναδικό θέαμα που να γοητεύει πάντα μικρούς και μεγάλους και να πληροφορεί, να επιμορφώνει και να ευαισθητοποιεί το κοινό σχετικά µε τη ποικιλότητα των μεσογειακών ειδών και των βιοτόπων
- μαζί µε τον επισκέπτη να ανακαλύπτει, να θαυμάζει, να βιώνει, να κινητοποιεί για τα θαλάσσια θέματα των επομένων δεκαετιών
- να αναδεικνύει τη διαχρονική σχέση του ανθρώπου µε το θαλάσσιο μεσογειακό περιβάλλον και να δημιουργεί ερεθίσματα και προβληματισμό σχετικά µε την προστασία και τη βιώσιμη διαχείριση του θαλάσσιου μεσογειακού οικοσυστήματος
- να αποκτά ταυτότητα που να το διαφοροποιεί από άλλα ενυδρεία, να το κάνει μοναδικό στις επιλογές προορισμού της Κρήτης, να είναι η εναλλακτική πρόταση ψυχαγωγίας
- να αποτελεί μέρος, όπου συνεχίζεται η έρευνα για τη συμπεριφορά και τη διαβίωση θαλάσσιων ειδών που να μπορούν να προσαρμοστούν σε ελεγχόμενες συνθήκες, να έχει πρότυπη ερευνητική υποδομή και θα εξασφαλίζει άριστες προϋποθέσεις πρόσβασης σε ερευνητές και νέους επιστήμονες, να είναι ένα εκκολαπτήριο καινοτομίας
- να αναχρηματοδοτεί τις δράσεις του