Τα τελευταία 60 χρόνια έχει συμβάλει σημαντικά στην επιστημονική έρευνα για τις ελληνικές θάλασσες και τα οικοσυστήματά τους, τις συνέπειες της ρύπανσης, την ποιότητα και την ποσότητα των ιχθυαποθεμάτων, τις τεχνικές υδατοκαλλιέργειας, τα θαλάσσια οικοσυστήματα και άλλα. Παράλληλα, έχει καταγράψει χιλιάδες υδρόβια ασπόνδυλα, ψάρια και πλαγκτονικούς οργανισμούς, χαρτογραφώντας έτσι την τεράστια βιοποικιλότητα των ελληνικών θαλασσών.

Το ίδρυμα διαιρείται σε τρία επιστημονικά ινστιτούτα: Ινστιτούτο Θαλάσσιας Βιολογίας, Βιοτεχνολογίας & Υδατοκαλλιέργειας και Ινστιτούτο Θαλάσσιων Βιολογικών Πόρων & Εσωτερικών Υδάτων.
Το ΕΚΕΜΕ φιλοξενείται στο συγκρότημα “Θαλασσόκοσμος” στις Γούρνες Ηρακλείου και υποστηρίζει και συμπληρώνει την έρευνα και τη λειτουργία του CRETAquarium.